Subissant une baisse des contributions financières des Eglises membres - elles-mêmes confrontés à des problèmes de trésorerie - le NCC dont le budget s'élevait auparavant à 77 millions de dollars le voit baisser à 7 millions de dollars. La dissolution du NCC - peut-être en 2003 – est à l'étude et pourrait être remplacé par une autre organisation oecuménique qui inclurait, en plus des 36 Eglises membres du NCC, l'Eglise catholique romaine des Etats-Unis et le groupe des Eglises évangéliques.

S'exprimant à propos des difficultés financières, Robert Edgar, secrétaire général du NCC, a déclaré qu'une restructuration majeure accompagnée d'une réduction des effectifs avait renforcé la crédibilité de l'organisation. Environ un tiers des 60 postes pourraient être supprimés d'ici à la fin de l'année. Par ailleurs, la décision de l'Eglise méthodiste unie, le 18 novembre, d'avancer 400 000 dollars EU sur sa contribution au NCC prévue pour 2001-2004, a été vue comme une grande marque de soutien. La combinaison de l'argent apporté par les méthodistes et des réductions de personnel devrait permettre un budget équilibré d'ici à la fin de l'année.