En 50 ans, la librairie a changé plusieurs fois de statut juridique : de société coopérative, elle est devenue une fondation puis une société anonyme. En 1999, elle redevient une fondation avec un capital de 115'000 francs. Le Conseil de fondation est placé sous la surveillance du Conseil synodal. La librairie emploie 2 personnes à plein temps et 3 personnes à temps partiel, toutes des femmes. La librairie est soutenue par l’Association des Amis de la Librairie de l’Ale qui s’est constituée en 1999 pour créer autour du magasin un réseau d’amis soucieux de diffuser de la littérature protestante dans un esprit œcuménique et d’ouverture aux religions non chrétiennes, sans autant exclure la littérature générale de qualité.