Jusqu’au XIIe siècle, un grand nombre d’actes ne sont connus que par des copies d’un cartulaire de l’abbaye rédigé au début du XIIIe siècle. Au cours du Moyen Age, les documents d’archives deviennent de plus en plus nombreux, aucun inventaire n’a été retrouvé.

XVIIe siècle : ce n’est qu’avec l’abandon du statut de collégiale et le retour à la vie communautaire que commence l’organisation des archives. Un premier inventaire est dressé en 1685. En 1693, l’incendie qui détruit une bonne partie des bâtiments conventuels (dont la bibliothèque) mais aussi la ville de Saint-Maurice, épargne miraculeusement les archives.

XVIIIe siècle : Dans la seconde partie du siècle, le chanoine Joseph Hilaire Charles rédige un nouvel inventaire, plus systématique. Ce travail, qui demeure jusqu’à aujourd’hui la seule clef d’accès aux archives, est motivé avant tout par la nécessité de présenter des pièces justifiant les droits et privilèges de la communauté. Le meuble à 84 tiroirs où sont encore conservés une partie des documents date de cette époque.