Alors que le futur monarque est membre de l’Eglise réformée hollandaise (majoritaire), son épouse est catholique romaine. Le couple a renoncé à un mariage œcuménique, les noces ayant été célébrées selon le rite protestant. Le prince héritier a par ailleurs précisé que la famille royale ne deviendrait pas catholique et que tous ses enfants seraient baptisés selon la tradition de l’Eglise réformée hollandaise. Pour la plupart des observateurs, cette double décision a été motivée par la volonté d’éviter la controverse qui avait entouré le mariage du neveu de la reine Beatrix en 1998. Cette cérémonie avait été célébrée conjointement par les deux clergés et certains protestants dont la mère de la reine avait reçu la communion. Le chef de l’Eglise catholique romaine avait alors parlé de « profanation de l’eucharistie. »

La polémique politique s’est elle focalisée sur le passé du père de la mariée, ancien dignitaire de la junte militaire argentine des années 70. Sous la pression populaire, il a accepté de ne pas venir au mariage.