Cette démission est intervenue le 7 janvier, après que deux commissions distinctes ont affirmé qu’il avait consciemment collaboré avec la police secrète polonaise de l’époque communiste. Quelques heures avant son entrée en fonction le 5 janvier, le père Wielgus avait démenti ces affirmations et prétendu qu’aucun document ne prouvait les dires des fonctionnaires qui l’accusaient. L’archevêque Wielgus avait officiellement repris l’archidiocèse de Varsovie en dépit des preuves selon lesquelles il avait, dans les années 70, signé deux documents promettant sa coopération avec les autorités de la police secrète. Ces documents ont été découverts dans des microfilms conservés par le gouvernement, après une période où la police secrète s’est efforcée d’amener les responsables d’Eglise à collaborer avec elle, s’ils ne souhaitaient pas être compromis.